此秘密调查说明，日本明治政府已了解到这些岛屿并非无主地，至少是可能同中国发生领土争议的地区。但内务卿山县有朋等仍不甘心，要求再做调查，以利建立日本的“国标”。其理由是，这些岛屿虽与《中山传信录》所述相同，但清国只是借助这些岛屿作为识别航海方向之用，“并未发现其他清国所属证迹”；关于岛名，日、中有所不同，故无关宏旨；且这些无人岛靠近八重山群岛。当时日本表面上提出的琉球两分方案虽曾表示将八重山划归中国，实则早存得寸进尺之心。然而，调查结果反使山县不敢轻举妄动了。
１８８５年１０月２１日，日外务卿井上馨致内务卿山县有朋信中称：“经详查熟虑，该等岛屿也接近清国国境。与先前完成勘查之大东岛相比，发现其面积较小，尤其是清国对各岛已有命名，近日清国报章，刊载我政府拟占据台湾附近清国所属岛屿之传闻，对我国抱有猜疑，且屡次引起清政府之注意。此刻若公然建立国标，必遭清国疑忌，故当前宜限于实地调查及详细报告其港湾形状、有无可待日后开发之重要物产等，而建国标及着手开发等，可待他日见机而作。”井上还叮嘱山县，不宜将日方秘密调查公诸报端，而要暗中进行，以免引起中国及国际上的异议或反对。同年１１月２４日，冲绳县令西村将奉命调查结果秉报内务卿，要求给予指示：“建立国标一事，如前呈文，未必与清国完全无关，万一发生纠纷，如何是好。”翌日，内、外务两卿联名下令：“切记目前不可建（国标）。”（５）显然，当时日本帝国正在加紧扩军备战，伺机侵吞朝鲜，并最终与清政府决一雌雄，而不愿过早地“打草惊蛇”。
直到１８９３年，即中日甲午战争的前一年，日本冲绳县知事要求将钓鱼岛等划归冲绳县时，日本内、外两卿还将此拖了一年。甚至到甲午战争那年，因日本尚无获胜的把握，故政府仍以“该岛究竟是否为帝国所属尚不明确”为由而加以拒绝。
然而，１８９４年１１月底，日军占领旅顺口，将清军北洋水师封锁在威海卫内，日本明治政府确信对清一战胜券在握，便拟迫使中国割让台湾作为媾和条件，并在未通知中方的情况下先行秘密窃取了钓鱼列岛。同年１２月２７日，日本内务大臣野村靖发密文给外务大臣陆奥宗光称：关于在“久场岛”（黄尾屿）“鱼钓岛”建标桩一事，虽已下令暂缓，“但今昔形势已殊”，对这些岛屿“需加管理”，故应重议此事。这次外务省未表异议，并称“请按预定计划适当处置”。结果，１８９５年１月１４日，日本政府不等战争结束，便通过“内阁决议”，将钓鱼列岛划归冲绳所辖，建立标桩。（６）同年４月１７日，中日签署《马关条约》，中国被迫割让台湾及其周围岛屿。直至日本战败投降，日本统治台湾长达５０年，钓鱼岛等台湾周围附属岛屿也被日本长期霸占。
（二）第二次世界大战后，中日之间悬而未决的钓鱼岛主权争议，是美国在中日之间留下的一个领土“疙瘩”。
美军占领琉球之后，曾于１９４６年１月２９日发布的《联合国最高司令部训令第６６７号》，其中第三项中已明确规定了日本版图所包括的范围，即“日本的四个主要岛屿（北海道、本州、四国、九州）及包括对马诸岛、北纬３０°以南的琉球诸岛的约１０００个邻近小岛”，其中根本不包括钓鱼岛。
