在这个相互交织、日益强大的全球国家安全体系中，联邦调查局已经成了一个不可或缺的部分。联邦调查局开始设下更多复杂的陷阱，诱捕更多嫌犯。在对成千上万反对政府的美国公民进行监控的过程中，有些时候他们的做法接近甚至超出法律的界限，因为这些美国公民反对政府的工具仅限于语言和思想，而不是行动和阴谋。在开展了大量情报调查后，联邦调查局逮捕了一个名叫纳吉布拉·扎齐的阿富汗移民。扎齐曾经与基地组织结盟，阴谋策划在“9·11”恐怖袭击十周年来临之际对一处地铁实施炸弹袭击，他在纽约的联邦法庭上对自己的罪行供认不讳。2011年11月，另一名受到基地组织启发的恐怖分子乌玛尔·法鲁克·阿卜杜勒穆塔拉布在被捕后认罪。这名恐怖分子将炸药藏在自己的内裤中，妄图在圣诞前夜炸毁德尔塔航空公司飞往底特律的航班，当时飞机上共有278名乘客。
联邦法官问阿卜杜勒穆塔拉布，他是否知道自己触犯了法律。“知道，美国的法律。”他说。这起案件证明，恐怖分子嫌疑人能够在美国的法庭上依法接受审判并定罪，而无需经过秘密监狱的刑讯逼供或者特别军事法庭的审理。
在美国本土，对于闭路摄像头的监视、机场安检人员的搜身、荷枪实弹的警察和卫兵，美国公民早已习以为常。为了得到安全的承诺，很多人宁愿牺牲人身自由。他们也许不喜欢这种做法，但是他们知道，这已经成了美国的一部分。
然而，仍有迹象显示，在接下来的数年中，美国有可能将反恐行动置于宪法和法律的监督之下。2011年11月7日，联邦调查局刚刚颁布了一套开展情报调查的指导原则。在过去的10年中，联邦调查局就如何使用反恐战争赋予调查局的巨大权力作出了痛苦的挣扎；在过去的3年中，联邦调查局为了弥补布什政府以国家安全的名义而造成的损失作出了巨大的努力。
在这些新规定中，联邦调查局为情报搜查和抄没、窃听和偷录、数据搜集和电子监听、过滤电子邮件和追踪手机电话设置了司法界限。这套长达460页的行动指南删除了过去的很多内容，让联邦调查局在21世纪呈现出一个全新的面孔。美国政府似乎正在试着掌握自由与安全的天平。
在过去的100年中，对于他们能够在国家安全的名义下做些什么，联邦调查局始终在挣扎中前行。迄今为止，调查局仍然没有经过国会批准的法律章程。早在35年前，也就是水门事件发生后，前司法部部长爱德华·利维第一个试图对联邦调查局进行监督。他承袭了斯通法官的精神。斯通法官曾经发出警告称，秘密警察是对自由社会的威胁。
联邦调查局也许已经就如何在民主社会中建立秘密情报机构的问题建立了第一份切实可行的指南。新的规定从一开始就阐明，“恪守宪法原则要比任何一次审讯、搜查或调查的结果都更加重要。”它们明确表示，联邦调查局不能因为美国公民“反对战争或外交政策、对政府的行动表示抗议、鼓吹某种宗教思想”，或者因为他们是外国侨民、无政府主义者以及阿拉伯裔美国人，就对这些人展开调查。联邦调查局未经授权进行搜查、抄没和监视的巨大权力需要的是国会的宣战声明，而不是总统的秘密敕令。上述原则也许看似浅显，但是在过去，联邦调查局曾经一次又一次违背了这些规定。
联邦调查局正在发生的变化与罗伯特·米勒的任期不无关系。自胡佛死后，任何一位联邦调查局局长都没有像米勒一样度过国会规定的10年任期。有些人颜面尽失，有些人声名狼藉。但米勒坚持了下来，他已经度过了“9·11”恐怖袭击十周年的重要时刻。奥巴马请他继续留任两年，如果米勒能够忍受与日俱增的压力，他的任期将直至2013年9月。米勒说当时他想的是，他不希望历史学家写道：“你们赢得了反恐战争，但是牺牲了公民自由。”
这一原则占据主导的机会仍然存在； 而美国人民虽然始终处于危险中，但是同时享有安全和自由的可能性也同样存在。
