有一个办法可以让恐怖分子暴露行迹。米勒认为，胡佛在打击三 K 党和美国共产党时采取的手段同样适用于对付伊斯兰恐怖主义的威胁。联邦调查局可以利用卧底设置圈套，从而搜寻和逮捕潜在的恐怖分子。这种手段由来已久，得到了很多刑事调查人员和情报特工的认同。通过这种秘密调查手段，联邦调查局既可以将嫌犯缉拿归案，又可以登上炫目的新闻头版。但是，利用卧底设置圈套需要两个基本条件：一个善于花言巧语的骗子作为线人，以及一个容易上当的嫌犯作为目标。当联邦调查局将恐怖分子逮捕并提出指控后，无论是洛杉矶、芝加哥还是塔斯卡卢萨的陪审团，绝不会接受其恐怖分子对诱捕提出的质疑。
在随后的3年中，利用卧底设置圈套成了美国开展反恐调查的主要手段。2006年6月23日，米勒宣布联邦调查局在迈阿密的贫民区逮捕了7名阴谋炸毁芝加哥西尔斯大厦的嫌犯，并将其成员称作“土生土长的恐怖分子……他们也许与基地组织或者其他恐怖组织没有任何牵连。他们借助互联网的掩护交换看法和信息，并且从那些宣扬暴力的激进网站中获得启发。他们通过从事不易引起注意的小型犯罪活动筹集资金。他们没有专门的首领和特定的思想体系。总之，他们正在以一种不引人注目的方式开展活动。”
从2007年至2009年，在联邦调查局涉及恐怖分子的重大案件中，超过一半都离不开卧底设置的圈套。
2007年6月3日，一起令人恐慌的案件浮出水面。在此案中，联邦调查局逮捕了一名63岁的嫌疑人，指控他阴谋策划炸毁肯尼迪机场航空客运站四周的燃料箱和输油管。这名嫌犯曾经在纽约的肯尼迪机场工作，联邦调查局的一名线人暗中用摄像机录下了他的言行。“袭击约翰·肯尼迪，这是个好主意，”他说，“他们喜欢肯尼迪，他们喜欢他这个人。如果对肯尼迪机场发动袭击，到时候整个国家都会陷入悲痛之中，就好像能够再次杀死这个人一样。”
2008年5月5日，一名31岁的前海军通信兵被判处25年徒刑。这起案件与他在7天前发送的一封电子邮件有关。这个嫌犯名叫保罗·霍尔，后来更名为哈桑·阿布·杰哈德，但当他参加海军时，并没有人对这个名字表示惊讶。2001年4月，就在“科尔号”爆炸事件发生的5个月后，霍尔登上了停泊在波斯湾的“本福尔德号”驱逐舰，并向伦敦的一个在线论坛发送信息，泄露了波斯湾10艘美国军舰的部署。这个论坛不仅呼吁开展圣战，而且对基地组织表示支持。
这些案件耸人听闻。在联邦调查局看来，他们都是一些活生生的激进分子，随时都对美国产生威胁。但是，只要美国没有真正受到袭击，大多数美国人并不关心联邦调查局是否对一些案件夸大其词。并不是每一封电子邮件都会成为爆炸袭击的导火索，并不是每一个阴谋策划者都是美国本土的恐怖分子，他们也许只是一些普普通通的疯子。
