另一个破坏性的泄密事件是，中情局的工作人员向《华盛顿邮报》透露，拘捕基地组织头领的其实是欧洲及其他地区的一个秘密拘留网络。这次泄密事件不仅使小布什政府很尴尬，也使参与反恐战争的盟国很难堪； 而且美国不受司法审查制度约束的监狱系统也因此遭受广泛的谴责。向《华盛顿邮报》泄露消息的中情局人员之一是名叫玛丽·麦卡锡的前情报员，同时她还是民主党总统候选人约翰·克里的支持者。
随即而来的是更大规模的泄密，同样是在《纽约时报》上。这份由阿瑟·苏兹贝格出版的报纸一下子成为尖锐的出版物，批判着小布什总统、共和党以及各种保守派的运动。这种尖锐的攻击每天都会出现，无论是在头版还是专栏。2005年12月，《纽约时报》公布了美国的高度机密项目：随时窃听恐怖分子嫌疑人与美国境内人员的通话。由于时间紧迫，政府并不能每次都先得到司法部门的批准再去窃听这些电话。哪怕一点点的耽搁，都有可能导致全盘皆输。这个项目的目标是：将像“9·11”事件那样的恐怖袭击扼杀在襁褓中。
然而，《纽约时报》的所作所为毁掉了美国国家安全局的优势。胡克斯特拉对我说，自从基地组织了解到美国国家安全局如何进行窃听之类的侦查工作后，他们就开始调整自己的策略。“基地组织开始有意地使用一些他们认为可以与我们对抗的方法和策略。”他说，“这一点，只要看一看基地组织使用什么方法和工具进行联系就很清楚了，现在他们对电子通讯方式都十分小心。他们知道我们会拦截什么样的电话、不会拦截什么样的电话； 他们也找到了一些办法，很多人认为这些办法会让我们拦截起来更加困难。”
