由于事先双方已交换了联合声明草案，意见比较接近，因此短短5天中，整个建交谈判比较顺利。不过围绕日台关系和日本侵华赔款问题，双方展开一番唇枪舌战，成为整个谈判过程中比较敏感和棘手的问题。
1952年日台缔约，建立了所谓的“外交关系”。此后，日台关系一直是中日邦交正常化的主要障碍。因此我方提出的复交三原则中，最后一条便是“日台条约是非法的、无效的，应予废除”，并要求在双方的联合声明中写上这条。但日方一再强调自身的处境和困难，请中方予以体谅和照顾。最后，双方本着互谅互让的精神达成协议：日方在联合声明的前言中重申“充分理解”我复交三原则，在此前提下，我方同意在联合声明中不提日台条约，而由日方单方面作出声明。于是，29日联合声明签字后，大平外相举行记者招待会，公开声明：作为日中邦交正常化的结果，日台条约已失去了存在的意义，宣告结束。至此，这一分歧得到圆满解决。
关于日本侵华赔款问题，早在田中访华之前，我方已向日方正式转告，为了中日两国人民的友谊，准备放弃对日本国的战争赔偿要求，并建议将此写入联合声明。我方之所以这样做，是从两国人民的友好关系出发，不想使日本人民因赔款而加重负担。田中首相表示，中国把恩怨置之度外，本着互谅互让的精神处理问题，日本应积极地评价中国的这一友好表示，并对此表示深深的谢意。最后，在联合声明中载入：“中国政府宣布，为了中日两国人民的友好，放弃对日本的战争赔偿要求。”
毛泽东：“你们吵架吵完了”
毛泽东是中日邦交正常化的高超的指挥者。他在9月27日中日建交谈判出现严重分歧、中日邦交正常化遇阻的关键时刻会见了田中一行。
田中和大平等在周恩来的带领下，来到毛泽东住处。刚一进门，毛泽东就说道：“你们吵架吵完了?”接着又说道，“不打不成交嘛!”田中首次领略到毛泽东的幽默、风趣，他惊叹毛泽东能够把重大的政治事件转换为轻松的话题。一小时的谈话，始终都在轻松、友好的气氛中进行。
毛泽东先是开玩笑说：“我是个大官僚主义者，见你们都见得晚了。”然后又称赞大平的名字好，是“天下太平”，说得大平在一旁喜滋滋的。接着又问起会谈情况，并说道：“总要吵一些，天下没有不吵的。吵出结果来就不吵了嘛!”
当时正在进行中的建交谈判，争论十分激烈，田中对谈判能否最后达成协议心里没底，毛泽东的这句“吵出结果来就不吵了”使他吃了定心丸。这清楚地表明一切都由毛泽东最后拍板，他为谈判最后达成协议开了“绿灯”。
毛泽东十分重视日方对侵华战争如何表态的问题，他问田中：“你们那个‘增添麻烦’的问题怎么解决的?”田中回答：“我们准备按照中国的习惯来改。”毛泽东进一步告诫说：“只说句‘添了麻烦’，年轻人也不会满意。在中国，这是把水溅到女孩子裙子上时说的话。”一句轻松的俏皮话，点出了问题的实质。
在谈论了谈判中的关键问题之后，毛泽东开始海阔天空，古今中外，纵论天下。话题从中日两国的交往史，谈到两国政府间打交道解决两国关系；从日本天皇谈到中国唯一的天皇——唐朝第三代皇帝、武则天的丈夫高宗；从《四书》《五经》谈到家庭又谈到毛泽东的幼年时代。
会见结束时，毛泽东指着周围书架上的书说道：“你们看，我是中了书毒了，离不开书，每天不读书就无法生活。”他又指着《楚辞集注》六卷说：“这套书是送给田中首相的礼物。”田中高兴地说：“多谢，多谢。您知识渊博，还这么用功，我不能再喊忙了，也要努力学习。”尽管田中一再谦让，毛泽东还是把他们送到门口，目送着田中一行离去。第二天，田中一行参观故宫。记者问大平，见到毛泽东有什么感想。大平说，毛主席有权威、民主，讲话很平易近人。
