1994年7月8日，朝鲜最高领导人金日成逝世。接班人金正日在丧礼结束后宣布，要为父亲守孝3年。守孝期间，金正日实际全面主持朝鲜党、政、军工作。
1997年10月8日，金正日结束守孝，出任朝鲜劳动党总书记。他去世后，朝鲜发布的讣告称：“金正日同志以伟大领袖金日成同志开辟的主体革命伟业代代相传为毕生使命，他是领袖最亲近的同志也是最亲密的战友，他按照领袖的思想和意图推动革命和建设。”
克服困难发展经济
金正日主政之初，由于美国等西方国家的制裁，加上连续遭遇自然灾害，朝鲜经济面临很大困难。1995年、1996年，朝鲜连续两年发生严重水灾，1997年又遭受到旱灾，粮食产量大幅度减少。金正日号召发扬抗日游击队“苦难行军”精神，并把慈江道树为自力更生、艰苦奋斗的典型，号召全国人民学习。
1998年，金正日提出“建设强盛大国”的目标，着重发展电力、煤炭、冶金和铁路运输业等，朝鲜的经济困难得到缓解，1999年开始恢复增长。2002年，朝鲜出台一系列“社会主义经济管理改善措施”。当年9月，朝鲜设立面向中国的新义州开发区，10月，又设立面向韩国的开城工业园区和金刚山旅游园区。2003年，朝鲜把农民市场改为“综合市场”，允许销售轻工业产品。从2004年1月起，农业部门开始了“以家庭为单位的农业经营方式”试点，工业部门也开始实行一些新措施，包括降低企业对国家的上缴金额等。这些有助于提高经济活力。
近年来，金正日不断视察企业，仅2006年11月就视察了江原道的元山牧场等企业。在视察中他强调，既要发扬自力更生的精神，也要大胆主动地引进先进科学技术，“并通过研究把这些先进科技变成自己的东西。这样一来，朝鲜就没有干不成的事情”。据朝中社报道，朝鲜已成立国家经济开发总局，制定“国家经济开发十年战略计划”，制定了在2012年打开强盛大国之门的框架，并“展示了在2020年达到发达国家水平的前景”。
金正日还倡导“先军政治”路线。“没有糖果可以活下去，没有子弹就不能生存。”他在多个公开场合说：“先军政治就是万能宝剑。”每年外出视察，他去的最多的地方就是部队。朝鲜媒体在阐述发展经济的重要性时，都会引用金正日的一段语录：“我的构想和坚定不移的决心是，要在祖国的土地上尽快建成社会主义强盛大国，使任何敌人都不敢冒犯，使全体人民无忧无虑地幸福生活。”最近几年，朝鲜媒体称，朝鲜“已经在政治思想上、军事上跻身于强国行列，当前的主攻方向是建设经济强国”，同时强调，金正日的领导是“所有胜利和奇迹的决定性因素”。
东北亚地缘政治的关键人物
执政17年来，金正日对朝鲜半岛乃至东北亚局势的发展都发挥了重要作用。美国《时代》周刊称之为“东北亚地缘政治的关键人物”。
韩国现代集团名誉主席郑周永曾应金日成之邀访问过平壤，当时他特意把一件白衬衣交给老家的亲人，并告诉他们：“把这件衬衣挂在衣橱里，我有一天会回来穿它。”言外之意是对南北和解感到乐观。1998年，金正日同意郑周永再次访问平壤，且允许他赶着500头牛穿越“三八线”。此事被称为“群牛外交”，对朝韩关系改善起了推动作用。
2000年6月13日，时任韩国总统金大中应金正日之邀访问朝鲜。这是半个世纪来北南双方首脑第一次握手。当时，朝方给予金大中的最高礼遇出人意料。当金大中抵达平壤时，金正日亲临飞机舷梯边迎接他，请他检阅了三军仪仗队。在离开机场时，金正日请金大中与自己同坐一辆车，并将主位让给了金大中。60万平壤市民夹道欢迎，欢呼“万岁”。6月14日深夜，金正日与金大中签署了《南北共同宣言》，承诺为实现朝鲜半岛的统一和开展各个领域的合作与交流而努力。二人高举双手的镜头成为如今各家媒体频频播放的经典画面。同年8月15日，朝、韩互派100人的离散家属访问团，双方在军事分界线两侧的攻击性宣传也停止了。朝鲜半岛局势走向和缓。
此后，朝韩关系继续升温。2007年10月2日至4日，金正日与时任韩国总统卢武铉在平壤举行了朝韩首脑第二次会晤。卢武铉和夫人各戴上一块罗曼逊手表，还带了9块作为礼物，其中一块是专门送给金正日的。罗曼逊手表产自朝鲜开城工业园区，该园区由朝韩双方共同开发和管理，是南北经济合作的象征。10月4日，双方在平壤发表《南北关系发展与和平繁荣宣言》，表示将超越思想和制度的差异，把朝韩关系转变为相互尊重和信任的关系。对此次首脑会谈的成果，卢武铉比喻道：“好比当初带了一包行李去，回来时用同一个包裹将成果打包，却多得装不下。”
2008年，李明博接任韩国总统，调整对朝政策，提出“无核、开放、3000”政策，即在朝鲜弃核和开放前提下，帮助朝鲜10年内将人均国民收入提高至3000美元。朝方强硬回应，全面否定韩新政府对朝政策。2008年3月6日，朝鲜批评韩新政府是“保守势力掌权”，“独裁政权的后裔”。朝韩关系陷于停滞。
2008年7日11日，一名在金刚山旅游的韩国女游客误入朝方军事禁区，遭朝鲜士兵枪击身亡。韩国随后宣布暂停韩国游客赴金刚山旅游项目。5个多月后，朝方宣布废除朝韩间停止政治、军事对抗的所有协议。2009年11月10日，朝韩舰艇在大青岛海域交火。2010年3月26日，韩国“天安”号警戒舰在黄海海域巡逻时，发生爆炸并沉没，导致50多人失踪。韩国认定是“朝鲜军方进行的鱼雷攻击”，遭到朝方坚决否认。2010年11月23日，朝鲜为“还击”韩国军队“炮击朝鲜领海”，炮轰延坪岛。朝韩关系恶化。
